Sanctuary segue o trabalho da Dra. Helen Magnus e sua missão de proteger criaturas cuja existências só foi imaginada, lendas, animais e pessoas normais com poderes extraordinários – o que a maioria das pessoas considerariam monstros. O Santuário funciona como um porto seguro para esses anormais. Magnus foi inicialmente ajudada em sua missão por seu relutante protegido Will Zimmerman; sua corajosa e, em aguns casos, descuidada filha Ashley; o lobisomem nerd e tagarela Henry Foss, um especialista em computação e sistemas de segurança; e o carrancudo Neanderthal-assistente, interpretado por Christopher Heyerdahl.